In 1637 publiceerde René Descartes zijn Discours de la Méthode, een betoog waarin de grondslag voor een universele wetenschappelijke methode werd ontworpen. Hiermee zet Descartes zich af tegen de wetenschapsopvatting van Aristoteles. Volgens die opvatting kunnen de verschillende objecten van de wetenschappen niet met eenzelfde methode bestudeerd worden. Zo moet bijvoorbeeld in de natuurkunde een andere methode worden aangewend dan in de filosofie. Volgens Descartes is er maar één universele methode voor alle wetenschappen, en dus ook maar één wetenschap.
Over de fundering van de wetenschappen schrijft Descartes
Ik besefte echter wel dat alle wetenschappen hun uitgangspunten ontlenen aan de filosofie, waarin ik tot dan toe geen zekere uitgangspunten gevonden had. Ik meende dus dat ik voor alles moest trachten zulke uitgangspunten in de filosofie vast te stellen …
Met 'filosofie' bedoelt Descartes hier meer in het bijzonder de zogeheten 'eerste filosofie' of 'metafysica'. In de aristotelische traditie wordt meta-fysica 'eerste filosofie' genoemd, omdat ze zoekt naar de dingen die in de werkelijkheid het eerste zijn. Daarbij gaat het dus om het vinden van de grond of het fundament van de werkelijkheid (bijv. de 'Eerste Oorzaak' of “God”).
Bij Descartes daarentegen is de metafysica of 'eerste filosofie' niet langer de wetenschap van de dingen die in de werkelijkheid het eerste zijn, maar van de dingen die in het menselijk kennen het eerste zijn.
Met betrekking tot de aangeboren ideeën zegt Descartes het volgende in Over de methode.
Het komt mij dan ook voor dat diegenen die deze begrippen [God en ziel] als beelden zouden willen opvatten, doen als iemand die zijn ogen wil gebruiken om geluiden te horen of geuren te ruiken, waar nog bijkomt dat het oog niet de mindere is van de neus of van het oor als het erom gaat de waarheid van zijn object te garanderen, terwijl noch onze verbeeldingskracht, noch onze zintuigen ons ooit iets met zekerheid zouden kunnen leren zonder tussenkomst van het verstand.
Het is zeker dat de voorstelling van God en ziel nooit in de zintuigen zijn geweest. 'God' en 'ziel' zijn dan ook geen beelden, maar begrippen die door het verstand gekend worden.
Wat Descartes hier zegt over onze ideeën van God en ziel geldt voor al onze andere begrippen, ideeën en inzichten die helder en welonderscheiden zijn. Ook die worden niet uit onze zintuiglijke ervaring gewonnen of door onze verbeeldingskracht gevormd, maar zijn - althans in de kiem - van meet af aan in ons verstand aanwezig, zodat het verstand ze uit zich zelf en op eigen kracht kan ontwikkelen. Met deze leer plaatst Descartes zich zelf in de traditie van Plato, en zet zich af tegen Aristoteles.
